Dalam menjalankan fungsi dan tugasnya, KPPU didukung oleh sebuah Sekretariat dengan pimpinan dan barisan staf profesional yang tangguh. KPPU terdiri dari sembilan anggota yang diangkat Presiden atas persetujuan DPR. Ketua dan Wakil Ketua dipilih dan diangkat dari dan oleh anggota.